Mit jedem aufgeklebten Teil auf die Haube veränderst du natürlich die Wärmeleitfähigkeit deiner Motorabdeckhaube, und somit auch die Zeit in der die Motorabwärme durch die Haube abgestrahlt werden kann.
Unter sehr ungünstigen Umständen, z.B. sehr dicke, vollflächig aufgebrachte Dämmatten (die ja wahrscheinlich auch die Wärme isolieren) oder unmittelbares Abstellen des Motors nach einer längeren Vollgasfahrt ohne den Motor im Leerlauf abkühlen zu lassen, kann ich mir schon vorstellen dass es unter der Haube schon sehr heiß werden kann - einen möglichen Schaden könnte ich mir höchstens an den Kabeln oder thermisch nicht allzuhoch belastbaren Teilen vorstellen.
So richtig zum "Atmen" kommt dein Motor im Stillstand sowieso nie, ein Luftaustausch mit frischer Außenluft findet ja nicht statt wenn der Motor nicht läuft. Allerdings darf das freie Volumen bzw. der freie Querschnitt nicht über Maß verkleinert werden, hier muss die Verbrennungsluft durch und soll nicht durch Isolationsmaterial behindert werden.