Hans, ich glaube der Schlüssel zur Lösung ist das Wort "Schengenraum", uli_hd hats ja schon geschrieben - zwischen den Schengenstaaten gibt es Vereinbarungen über den Wegfall der Personenkontrollen etc. - das heißt dann wohl auch dass das auch für den Seeverkehr gilt. Solange man zwischen Schengenstaaten pendelt, gibts keine Kontrollen und ergo dessen auch kein ein- und ausklarieren.
Anders ist es, wenn du aus internationalen Gewässern kommst, da müsste man sich vorher ja aber auch irgendwo ausklariert haben.

Kroatien will vollwertiges Schengenmitglied werden, ist es aber noch nicht, heißt für mich dass du da einklarieren musst wenn du von außerhalb kommst.

Auf der Donau ist es meines Wissens ähnlich - ich darf durch die Slowakei und Ungarn ohne Formalitäten durch, in Serbien müsste ich ein- und dann wieder ausklarieren wenns nach Rumänien und Bulgarien weitergeht.

Ich hoffe ich konnte etwas zur Verwirrung beitragen.