Hallo,
Willkommen im Forum erst einmal
Ich würde niemals die Bretter im Boot lassen wenn Du eh immer Auf und Abbauen mußt.
Wie schon gesagt, der Dreck ist das Hauptproblem. Auch wenn ich mir Vorstelle das immer Feuchtigkeit im Boot ist, gammelt es so richtig vor sich hin. Den Brettern tust Du da auch nichts gutes. Die werden Dir schneller den Dienst quittieren, als wenn Du sie immer entfernst und alles gut pflegst und trocken hältst.
Du wirst ja auch immer schneller mit dem Auf und Abbau, da dürfte das dann kein Problem darstellen. Lieber etwas mehr Arbeit investieren, aber dafür hast Du alles sauber beieinander und kannst es optimal pflegen und hast lange Freude daran.