Hallo Nicole & Martin,
ein Flaggenzertifikat wird in D und CH nur für Landes Staatsbürger ausgestellt. So ist das beim BSH in D als auch der Schweizer Eidgenossenschaft.
Da Ihr aber eingebürgerte schweizer Bürger seit mit deutscher Nationalität, und zusätzlich ein in der Schweiz zugelassenes Boot betreiben wollt, solltet Ihr die schweizer Nationalflagge am Heck führen (mittig oder steuerbordseitig), das ist internationaler Brauch und auf internationalen Gewässern Plicht im Küstenbereich (auch am Bodensee). Gastlandflaggen werden dann etwas höher oder darüber gesetzt. Grundsätzlich gilt Flaggenführung vom Sonnenaufgang bis Sonnenuntergang, auf See werden diese nicht gesetzt.
Ob Ihr mit Wohnsitz ein in der CH zugelassenes Boot mit deutschem Bootsführerschein fahren dürft über längere Zeit (also nicht nur im Urlaub) sollte Euch die schweizer Zulassungsbehörde sagen können.